Qu’est-ce que la subrogation ?
Les indemnités journalières (IJ) sont des prestations dues à l’agent en arrêt de travail par sa caisse d’Assurance Maladie (CPAM).
La collectivité a la possibilité de maintenir la rémunération de l’agent pendant l’arrêt de travail (à 90 % ou 50 %). Dans ce cas, l’employeur demandera à la CPAM à percevoir les indemnités journalières pour le compte de son agent : c’est la subrogation.
Si la collectivité effectue la subrogation, elle doit impérativement réintégrer le montant des indemnités de la sécurité sociale sur le bulletin de paie de l’agent.
La réintégration des IJ sur le bulletin de salaire régularise les cotisations et permet à l’agent de ne pas être imposé à la fois sur la rémunération maintenue et sur les IJ versée par la CPAM.


